《蛋神Ⅱ》讲述的是来自冻龄世界的布鲁塔和巴克尔，碟中谍企图征服地球，碟中谍统治人类，他们要让地球上的大人变小，小朋友不再长大。而在这个危机时刻，小朋友玩具陀螺的蛋神觉醒了，热血小孩石牧龙，天才小科学家司想，善良体贴的代家乐，完美女孩上官映雪，四个性格迥异的小朋友因蛋神结缘，它们一起和暗黑势力斗智斗勇。在这个过程中，自称是冻龄世界第二聪明的人，其实却是愚蠢无比的巴克尔，利用女王布鲁塔发明的各种新型“武器”，誓要抢到蛋神。小朋友在和巴克尔的斗争中，建立了深厚的友谊，同时也在相互的帮助下克服了自身的缺点，收获了勇敢、诚实、自信、坚强等优秀品质，懂得了亲情、友情、团结的重要性。