突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。
回复 :炎の能力者エンジョー、氷の能力者ブルット、動物使役の能力者ケモニールの3人が企てた犯罪計画を、主人公のサイタマが偶然に知ってしまうシーンが収録されている。
回复 :何方知与阿牙循着线索一路探寻，终于找到了借刀杀人除掉林大人的幕后之人。此后，上凤鸣山，受凤阁主所托，前去西北救一人……在这一路上，何方知又遇到了形形色色的人，他们或居庙堂之上，或处江湖之中，每个人都有自己的选择，都在用自己的方式，坚持自己相信的东西……
回复 :大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中的横浜。幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，期待着未来和他们擦出的火花吧。早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，从未见过的奥特曼出现了，他的名字是「迪迦」！昭和宇宙人和平成奥特曼激突！
