全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，国产身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，国产两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。
回复 :生于大海，守护大海，去往大海——那就是蓝色人鱼！憧憬着守护海洋安全的职业“蓝色人鱼”进入横须贺女子海洋学校的岬明乃，被任命为航洋舰“晴风”的舰长，和同班的成员一同参加海洋实习。本应是驱动舰船前往目的地的安全航海，但等待着她们的却是接连不断的危机。来自教员舰突然的发炮、与失控的其他学生舰的战斗、救难船的救护活动等等，她们历经千辛万苦地跨越了这种种困难，终于平安返回陆地，成员之间也由此结下了牢固的牵绊。骚动后过了1个月，正在享受考试假期的晴风成员遭遇了新的危机——晴风班将面临解体。晴风成员在大为动摇的同时，再度团结一致，最终阻止了班级的解体，更进一步加深了牵绊。之后，晴风解体危机之后3个月——在横须贺举办了包括吴、舞鹤、佐世保在内的全体女子海洋学校学生齐聚一堂、开展文化祭与体育祭的“竞斗游戏会”，明乃等晴风班成员也为了准备欢迎祭而忙成一团。大和、信浓、纪伊等超大型舰的班级也都前来集会，就在各种各样的演出与竞技正火热的时候，新的“危机”正向她们逼近……！
回复 :港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”，以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”，分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成，正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。 从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？ 这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？
回复 :抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路……本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。
