作恶多端的黑龙被封印在深不可测的天音湖中，情迷每隔五百年便要举行凤凰大典，情迷利用凤凰的叫声加固封印。有一个五百年如期而至，谁知在典礼进行的途中发生了意外，凤凰孵化失败，黑龙挣脱了束缚重返人间，世界陷入了水深火热之中。想要再度封印黑龙，必须前往天音谷寻找七件神器，它们共同吹奏出的乐曲能够催化凤凰蛋。不幸的是，虹猫（谢娜 配音）沉睡在天音湖底，无奈之中，蓝兔（袁慧敏 配音）只得独自和天音大师（张怀武 配音）踏上了寻找神器的旅途。途中，两人遇见了魔术师小狸（谢娜 配音），小狸于无意之中展现出了神奇的能力，成为了行动中不可缺少的重要环节。
回复 :今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。
回复 :一场意外中，星村真姬那（秋山奈奈 配音）一家人全都死在了神秘组织“七星”的手下。和尚田神景世（藤原启治 配音）找到了真姬那的遗体，利用秘术将其复活，成为了拥有超越常人的力量的尸姬。身为尸姬，真姬那的敌人是她的同类“尸”，当斩杀了108名敌人之后，真姬那便可获得转生成佛的资格。神田死后，他的养子花神旺里（羽染达也 配音）继承了神田和真姬那之间的契约，之后，外表可爱内心成熟的天瀬早季（菊地美香 配音）、温柔可人的山神异月（中村知世 配音）和成熟冷静的远冈明（悠木碧 配音）等尸姬亦接二连三出现在了花神旺里的身边，而他们共同的敌人“七星”则再一次地开始了活动。
基地小虎
回复 :幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。
