《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，上原人类正式开始进出宇宙2世纪，上原但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
回复 :冢本天满（小清水亚美 配音）是一名个性迷糊的高中生，她的性格向上生活也充满了欢乐。只是，单纯的天满心里有一个名叫乌丸大路（小西辽生 配音）的暗恋对象，这让乐观的她偶尔的有些苦恼。乌丸大路顶着西瓜头，成绩优秀运动万能，可是看似完美的他却有着怪异的行为和只属于自己的秘密，身患绝症的他即将不久于人世。外表狂野个性粗暴的播磨拳儿（高桥广树 配音）内心有着柔软天真的一面，这一面的名字叫做天满，可是天然呆的天满似乎从未注意到过他的感情。当他鼓起勇气对天满表白时候，出现在眼前的女子，却是个性直爽的学院偶像泽近爱理（堀江由衣 配音）。面对播磨火辣的表白，泽近爱理的心里产生了异样的感情。在矢神高中里，迷糊而快乐的校园生活每日都在上演。
回复 :看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
回复 :在经典的童话故事里，如梦如幻、色彩斑斓的天马之城，英俊的飞马王子（郑恺 配音）即将迎娶美丽的蓝马公主（白百合 配音），谁知婚礼现场却被抢婚的小矮马（刘红韵 配音）所破坏。飞马王子在追逐小矮马的时候遭遇意外，坠落到了青青草原。与此同时，草原上这个经典童话的结局也发生了改变。为了让痛哭流涕的大人们重新振作起来，也为了帮助飞马王子找回真爱，喜羊羊、美羊羊、懒洋洋、暖洋洋、沸羊羊以及小灰灰拿到了村长发明的飞行套装。在那个皓月当空的美丽夜晚，他们与王子一同飞上天空。在此之后，灰太狼和红太狼也紧随其后出发。悲哀的童话能否找回快乐的结局？新一年的旅程，这些好朋友们又将经历怎样的冒险？
